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孤独症的确切病因，一直被认为有很多因素。一般认为与下列因素有：遗传基因、大脑的结构异常和环境因素。
孤独症与基因相关
研究发现，同卵双胞胎和异卵双胞胎相比，更有可能患有孤独症，也就是说在同卵双胞胎中拥有大量的相同基因，如果一方有孤独症，那么另一方患有孤独症的几率大约为77%。
孤独症与大脑结构异常有关
孤独症对大脑的影响不局限于单一的部分多个脑区均可受累，例如，额叶，颞叶，小脑扁桃体。机能性磁共振成像研究证明，孤独症患者在解决问题，视觉，推理方面所利用的大脑位置不同于常人。
孤独症与环境风险因素有关
研究表明，父亲的年龄越大，孩子患有孤独症的可能性也就越大。
一些化学元素可导致学习障碍和发育障碍，同时饮食，传染病，疫苗，压力等因素与孤独症也有关。
一部分孤独症患者在患有孤独症的同时，也经历着其他障碍。例如，恐惧症，强迫症，注意缺陷多动障碍，焦虑症或者生理方面的困扰，例如睡眠，消化系统异常过敏现象，这些现象进一步证明孤独症的复杂性。
中科院最新发现：人体微生态失调及其大脑信息调控失序是导致临床儿童孤独症的罪魁祸首。
有效治疗孤独症，首推APS生物调序微生态调节
APS生物调序微生态调节利用生物调序与个性化菌群调节等先进体系，通过肠道微生态调节和大脑各种神经信息调控功能，构建新的信息环路，实现新的“信息调控”替代传统的药物“受体阻断”方式，标本兼治、双向调节，从根源上解决儿童孤独症。
